Hola maxi,
El problema puede venir de que el disco, a pesar de que esté libre, el contenido no esté repartido de forma uniforme. Puede que haya muchos huecos vacíos y que los datos estén desordenados.
Lo primero que puedes hacer para tratar de arreglar eso es desfragmentar el disco, lo cual reordena los trozos de ficheros que tengas por él. En Windows 8.1 simplemente dale al botón inicio y escribe "Desfragmentar" (en windows 8 supongo que será parecido). Aun así, windows 8 suele desfragmentar el disco periódicamente de forma automática.
Otra opción es que te bajes GParted, lo grabes en un CD y trates de modificar las particiones usando esa herramienta, te dejo un link:
http://gparted.sourceforge.net/livecd.php
Yo es lo que uso cada vez que quiero modificar la tabla de particiones.
Recuerda que para que las reconozca windows deben ser NTFS o FAT32 (es recomendable la primera, FAT no admite ficheros de más de 2GB). Los formatos EXT no son reconocidos por windows.
Un saludo!